La Cofradía de la Santa Vera Cruz se crea el día 7 de abril de 1556, en la iglesia de Nuestra Señora de Magaña de Ágreda, siendo actualmente la segunda hermandad penitencial más antigua de la provincia de Soria. Mantiene su actividad desde su inicio hasta nuestros días.

Sus primeros estatutos se aprueban el 21 de agosto de 1586 por el obispo de Tarazona, D. Pedro Cerbuna, fundador de la Universidad de Zaragoza entre otros destacados cometidos.

Ágreda formó parte de la diócesis de Tarazona hasta el año 1956. Sus fines eran tres: de disciplina (en la noche del Jueves Santo), de caridad y de tipo religioso. El de disciplina hace años que desapareció, quizá antes del año 1900 y se continúa con los otros dos. Entre los cometidos de esta Cofradía figura, desde su creación, facilitar el entierro a todas las personas que mueren en Ágreda, especialmente a las que no tienen medios económicos suficientes.